26 июля ему предъявили обвинения в свержении конституционного строя в рамках уголовного дела о разгоне акций протеста 1 марта 2008 года.
Через день Кочаряна арестовали на два месяца. Защита политика обжаловала меру пресечения в Апелляционном суде, который напомнил о неприкосновенности бывшего президента и отменил решение предыдущей инстанции. Однако генпрокуратура была с этим не согласна, представители ведомства подали свою жалобу. По итогам нескольких судебных заседаний арест Кочаряна признан законным.
